Vatikanska apostolska knjižnica, smještena unutar zidina Vatikana, već stoljećima budi maštu istraživača, povjesničara i ljubitelja misterija. Osnovana u 15. stoljeću od strane pape Nikole V., ona čuva jedno od najbogatijih i najtajanstvenijih rukopisnih blaga svijeta. Iako je riječ o instituciji posvećenoj znanosti, povijesti i vjeri, brojne legende i teorije zavjere pridonijele su stvaranju aure tajanstvenosti oko njezinih arhiva.

Jedna od najvećih tajni svakako su takozvani Tajni arhivi Vatikana (Archivum Secretum Vaticanum). Riječ "secretum" u latinskom jeziku znači "privatno", no javnost je tijekom stoljeća ovu riječ počela povezivati s "tajnim", što je potaknulo maštu. U tim prostorijama čuvaju se dokumenti koji se protežu sve do 8. stoljeća, uključujući papinske spise, dopise kraljeva i careva, pa čak i korespondenciju s poznatim povijesnim ličnostima poput Michelangela i Galilea. Samo ograničen broj znanstvenika može pristupiti arhivima, i to pod strogim uvjetima, što dodatno potiče sumnje da se ondje skriva nešto mnogo više od povijesne dokumentacije.

Često se spominje i mogućnost da knjižnica skriva apokrifne evanđelje, sporne tekstove koji nisu uvršteni u Bibliju. Prema nekim tvrdnjama, ondje bi se mogli nalaziti spisi koji bi mogli promijeniti razumijevanje rane kršćanske povijesti. Iako Crkva nikada nije potvrdila posjedovanje takvih rukopisa, sama ideja daje dodatnu dozu intrige.

Među najpoznatijim rukopisima koji su potvrđeni u fondu nalazi se Codex Vaticanus, jedan od najstarijih sačuvanih rukopisa Biblije na grčkom jeziku, datiran u 4. stoljeće. Tu su i drevne zemljopisne karte, poput karte koju je papa posjedovao prije Kolumbovih putovanja, što potiče nagađanja o tome koliko je Crkva znala o Novom svijetu prije njegova "otkrića".

Posebno zanimanje izazivaju i teorije da se unutar zidina Vatikana nalaze dokumenti povezani s izgubljenim civilizacijama, poput Atlantide, ili dokazi o kontaktima s izvanzemaljskim bićima. Iako nema čvrstih dokaza za ovakve tvrdnje, popularna kultura i književnost često ih koriste kako bi rasplamsali maštu publike.

U stvarnosti, većina "tajni" vatikanskih knjižnica odnosi se na golemo i teško dostupno bogatstvo rukopisa, koji zahtijevaju godine rada stručnjaka za dešifriranje. Međutim, činjenica da prosječna osoba nikada neće moći slobodno zaviriti u te arhive, ostavlja prostor beskrajnim spekulacijama. Upravo ta kombinacija stvarnih povijesnih dragocjenosti i nepoznanica čini Vatikansku knjižnicu jednom od najzagonetnijih institucija na svijetu.