Područje Parka prirode Kopački rit nalazi se na krajnjem sjeveroistočnom dijelu Republike Hrvatske, odnosno dio je širega geografskog područja istočne Hrvatske. To je ravničarski dio geografske cjeline Baranje, u sastavu Osječko-baranjske županije, pretežito nizinskog područja između rijeka Drave i Dunava te državne granice s Republikom Mađarskom.

Prostire se sjeverno od rijeke Drave od ušća Drave u Dunav te uzvodno Dunavom na njegovoj lijevoj i desnoj obali do nekadašnjeg pristaništa Kazuk. Istočna granica Parka prirode utvrđena je Državnom granicom prema Republici Srbiji. 

Kopački rit je poplavno područje nastalo djelovanjem dviju velikih rijeka, Dunava i Drave. Sjeverno, južno i zapadno od Parka prirode nalaze se značajne poplavne površine koje se protežu do Batine na sjeveru, Bijelog Brda na jugu i Donjeg Miholjca na zapadu.

Raspored bara i greda ovom području daje jedinstveni izgled. Cijelo poplavno područje poprima izgled delte, a jedinstveno da rijeka Dunav u svom srednjem toku, uz pomoć rijeke Drave, stvara tzv. unutrašnju deltu. Takav fenomen kod drugih Europskih rijeka u ovakvom obliku nije poznat te daje ovom području svjetski značaj. Ako Kopački rit ikad bude upisan na listu Svjetske prirodne baštine, biti će upisan prvenstveno zbog ovoga fenomena jer ga i mnoge druge, veće i značajnije rijeke u svijetu nemaju.